原理：共聚焦系統的光源為離子激光器或HeNe激光器，光源發出的激光束通過照明針孔后成為點光源P。點光源P通過分束器進入高數值孔徑顯微物鏡的成像系統成像后，在部分透明的被測樣品內形成像點P。從像點P發出的散射光及反射光(波長為λ1)和其他熒光(波長λf>λ1),反方向經過物鏡和分光鏡后，入射到單點探測器。單點探測器由探測器和放置在探測器前的針孔組成，它可以減少探測器的有效面積。探測器一般使用的是光電倍增管或雪崩光電二極管，探測器接收到的電信號最后由計算機進行處理。
 

　　顯微技術分析：一般熒光顯微鏡對于薄樣品可獲得清晰的圖像，但當樣品較厚時，物平面之外的熒光分子也會被激發，而這些光在像平面上是彌散的，因而干擾成像質量。20世紀50年代,Minsky發明了共聚焦顯微成像方法，但直到20世紀70年代，激光光源和計算機技術的發展才使共聚焦技術真正得以實現。共聚焦的含義就是將聚焦平面以外的成像信息過濾，使其不在最終的成像結果中顯示，首先將光線聚焦于一點或一線，然后對所要觀察的平面進行掃描，焦平面以外的光線通過檢測針孔隔離。